Ganzgenomsequenzierung in der Hygiene – sinnvoller Einsatz: Chancen und Grenzen

Hygieneteams werden im Krankenhaus oft mit der Frage konfrontiert, ob es sich bei Erregern mit pathogenem Potenzial oder auffälligem Resistenzmuster, die in zeitlichem und räumlichem Zusammenhang bei mehr als einem Patienten nachgewiesen werden, um die „gleichen“ Erreger handelt. Im Kern geht es also um die Frage der Erregerübertragung.

Kernaussagen

• Die Ganzgenomsequenzierung (WGS) ermöglicht hochauflösende Analysen genetischer Materialien von Bakterien und hilft, genetische Verwandtschaften und Übertragungswege zu identifizieren.

• Lange Zeit stand bei der Hochdurchsatzsequenzierung die Short-Read-Sequenzierung im Vordergrund, die eine sehr präzise, aber unvollständige Rekonstruktion der bakteriellen Genome ermöglicht.

• In den letzten Jahren hat sich die Qualität und die Wirtschaftlichkeit der Long-Read-Sequenzierung sehr verbessert, die die vollständige Rekonstruktion geschlossener Genome ermöglicht.

• Es gibt verschieden Analysemethoden der WGS-Daten wie cgMLST, Identifikation von SNP-Distanzen, phylogenetische und Clusteranalysen, die je nach Fokus und Fragestellung kombiniert werden.

• Für das Team der Krankenhaushygiene ist von besonderem Interesse, ab welcher genetischen Distanz unter Einbezug epidemiologischer Informationen wie z.B. Aufnahmezeitpunkt, Entnahmedatum und eventueller Vorbefunde eine Transmission im Krankenhaus nicht ausgeschlossen werden kann.

• Koordination des Sequenzierumfangs und Datenaustausch zwischen öffentlichen Gesundheitsbehörden, Referenzlaboren und Krankenhäusern sind essenziell, um die sektorspezifische Verbreitung von Pathogenen zu verstehen und zielgerichtete Maßnahmen zu ihrer Eindämmung einzuleiten.

Schlüsselwörter

Krankenhaushygiene - Resistenzgen - Erregerdiagnostik - Ganzgenomsequenzierung - whole genome sequencing - Transmission

Publication History

Article published online:
13 August 2024

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