Library of Genetic Associations: Genetische Zusammenhänge chronischer Lebererkrankungen

Die meisten chronischen Lebererkrankungen weisen eine komplexe genetische Beteiligung auf. Dabei werden für die Pathogenese dieser Erkrankungen in der Regel weit gefächerte genetische Netzwerke als ursächlich angenommen, weniger einzelne Gene. In der Entschlüsselung dieser komplexen genetischen Netzwerke liegt ein erhebliches Potential hinsichtlich eines besseren Verständnisses der pathogenetischen Zusammenhänge, insbesondere vor dem Hintergrund der Entwicklung neuer therapeutischer Strategien. Derzeit steht jedoch keine Datenbank zur Verfügung, die einen vollständigen Überblick über die aktuellen bekannten genetischen Zusammenhänge bei der Pathogenese chronischer Lebererkrankungen vorhält.

Wir haben daher eine entsprechende Datenbank etabliert, Library of Genetic Associations (LoGA). Diese Datenbank enthält derzeit genetische Informationen zu HCC, CCC, NASH, AIH, PBC, PSC und Leberfibrose. Um diese Datenbank zu realisieren, wurden sämtliche Abstracts der Pubmed Datenbank, derzeit mehr als 15 Millionen Veröffentlichungen, mittels MeSH terms und bioinformatischen text mining Algorithmen durchsucht. Die so identifizierten Abstracts wurden dann manuell validiert und anschließend auf der LoGA Website zusammengefasst (www.medicalgenomics.org/databases/LoGA). Diese Datenbank kann nun mittels eines web interface nach Erkrankungen, Signalwegen oder einzelnen Genen durchsucht werden. Darüber hinaus enthält das Suchergebnis auch Informationen über die gefundene genetische Assoziation und zugehörige Publikation. Im weiteren wurden die identifizierten genetischen Assoziationen analysiert, vor allem in Bezug auf mit der jeweiligen Erkrankung assoziierte genetische Cluster und Signalwege. Zusätzlich wurden die mit den genetischen Assoziationen verknüpften biologischen Funktionen der Gene auf gemeinsame Funktionsprinzipien untersucht. Gegenwärtig wird diese Datenbank weiter expandiert, insbesondere hinsichtlich genetischer Grundlagen der Leberzirrhose und chronischer Virushepatitis. Mit zunehmender Anzahl an eingespeisten Erkrankungen und deren genetischen Assoziationen werden dann auch vergleichende Untersuchungen zwischen verschiedenen chronischen Lebererkrankungen möglich sein.

Zusammenfassend haben wir eine umfangreiche genetische Ressource für Untersuchungen genetischer Grundlagen chronischer Lebererkrankungen geschaffen. Diese wird in Zukunft von erheblichem Wert insbesondere zur Identifizierung genetischer Netzwerke und genomweiten Betrachtungen sein.

AIH - CCC - Datenbank - Genetik - HCC - Leberfibrose - NASH - PBC - PSC