Unusual genomic rearrangements in introns 1 and 22 of the F8 gene

Summary

Intron 1 and intron 22 inversions, two large rearrangements of the factor VIII gene, are generally associated with a severe phenotype of haemophilia A and a high risk of inhibitor formation. In several haemophiliacs, diagnostic analyses for detection of these inversions revealed unusual band patterns. Upon further examination, different copy number variations were detected in the factor VIII gene of these patients by multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Since these duplications or deletions alone could not sufficiently explain the abnormal band patterns of the first analyses, we assumed a combination of intron 1 or intron 22 inversions together with a copy number variation.

Result We could confirm this hypothesis by specific long range PCRs but a detailed characterization of the breakpoints and the mechanisms for these complex rearrangements have yet to be elucidated.

Zusammenfassung

Intron-1und Intron-22-Inversionen, zwei große Umlagerungen des Faktor-VIII-Gens, sind üblicherweise mit einer schweren Verlaufsform der Hämophilie A und einem hohen Hemmkörperrisiko assoziiert. Mit den diagnostischen Methoden zur Untersuchung dieser Inversionen konnten bei einigen Patienten ungewöhnliche Bandenmuster nachgewiesen werden. Im Faktor-VIII-Gen dieser Patienten wurden unterschiedliche Kopienzahl-Varianten mittels MLPA-Analyse detektiert. Da die nachgewiesenen Duplikationen bzw. Deletionen alleine die ungewöhnlichen Bandenmuster der ersten Analysen nicht ausreichend erklären können, wurde eine Kombination der Intron-1- bzw. Intron-22-Inversionen mit diesen Kopienzahl-Varianten angenommen.

Ergebnis Diese Hypothese konnte durch verschiedene PCR-Analysen bestätigt werden, die genaue Charakterisierung der beteiligten Bruchpunkte und der Entstehungsmechanismen dieser komplexen Umlagerungen steht noch aus.

Keywords

Factor VIII - intron 1 inversion - intron 22 inversion - copy number variations

Schlüsselwörter

Faktor VIII - Intron-1-Inversion - Intron-22Inversion - Kopienzahl-Varianten

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