Targeted Deep-Sequencing beim kolorektalen Karzinom

Hintergrund: Durch neue, zielgerichtete Therapien in der Onkologie erlangen Deep-Sequencing Technologien zunehmende Bedeutung für die Identifikation von prädiktiv nutzbaren Mutationen. Die Verwendung von klinischem Material, insbesondere nach Formalinfixierung (FFPE-Gewebe), stellt dabei aufgrund von verminderter DNS-Qualität häufig eine Herausforderung dar. Hier vergleichen wir Qualität und Mutationen an fresh frozen- und FFPE-Gewebe von Patienten mit kolorektalen Lebermetastasen.

Methodik: In Operationspräparaten von 17 kolorektalen Lebermetastasen aus dem Universitätsklinikum Mannheim wurden mittels Amplicon-Sequencing mit MiSeq (Illumina) Mutations-Hot-Spots in 48 Krebsgenen sequenziert. Gefriermaterial und FFPE-Gewebe wurden bei 10 Patienten analysiert. Die DNS-Qualität wurde mit PCR getestet, die Sequencing-Libraries wurden mit einem Agilent Bioanalyzer evaluiert. Für die Analyse der Sequenzierdaten wurden verschiedene bioinformatische Methoden verwendet und verglichen.

Resultate: In den sequenzierten Metastasen wurden häufig Mutationen in TP53, APC, PIK3CA und KRAS gefunden. Von den analysierten FFPE Proben erreichten ca. die Hälfte in der PCR zur Qualitätskontrolle nicht den empfohlenen Wert. Bei den FFPE Proben mit niedriger DNS Qualität war tendenziell eine niedrigere Sequenziertiefe zu beobachten. Zwischen FFPE und Gefriermaterial von den gleichen Metastasen konnte eine hohe Übereinstimmung der Mutationen gefunden werden. Allerdings zeigten sich bei Verwendung unterschiedlicher bioinformatischer Analysemethoden Diskrepanzen bei den gefundenen Mutationen.

Schlussfolgerungen: Amplicon-Sequencing kann zur Identifizierung von hot-spot Mutationen in gefrorenen oder formalinfixierten Proben verwendet werden. Allerdings ist eine Weiterentwicklung und Standardisierung der Datenanalyse wichtig, um belastbare Ergebnisse für klinische Studien und den diagnostischen Einsatz zu ermöglichen