Eine der zentralen Aufgabe der Mikrobiologie am LGL ist die zuverlässige und gleichzeitig schnelle Isolierung und Identifizierung von Mikroorganismen aus einer Vielfalt von Proben des gesundheitlichen Verbraucherschutzes. Die MALDI-TOF Massenspektrometrie hat sich dafür in den letzten Jahren als schnelle und zuverlässige Methode etabliert. Bei der Speziesdiagnostik von Mikroorganismen genügt in der Regel eine Kolonie einer frischen Bakterienreinkultur. Die einfache Probenvorbereitung für die Analysen dauert ca. 15 Minuten. Eine Einzelkolonie, der auf Festmedien kultivierten Mikroorganismen, wird entweder direkt auf eine Trägerplatte aufgebracht oder kurz inaktiviert und extrahiert. Anschließend wird die Probe mit einem Zimtsäurederivat (HCCA) als Matrix überschichtet und es wird mit einem MALDI-TOF Gerät ein lineares Spektrum im Bereich von 2000 bis 20000 Dalton aufgenommen. Der Abgleich erfolgt über eine Referenzspektren-Datenbank über vorgegebene Algorithmen der Software.
Mit dieser Methode verkürzt sich die Diagnostik um mind. 1–2 Tage, da keine weitere Bebrütung wie bei der herkömmlichen Speziesbestimmung mit biochemischen Tests nötig ist. Der MALDI Biotyper mit der dazugehörigen Referenzspektren-Datenbank verfügt derzeit über mehr als 3700 Einträge und gestattet die schelle und sichere Identifizierung eines Großteils der am LGL anfallenden Bakterienisolate. Das LGL baut im Rahmen von zahlreichen Forschungsprojekten die Referenzdatenbank weiter aus und optimiert das System für die am LGL anfallenden Analysen. Dazu werden Isolate aus der Human- und Veterinärbakteriologie zurzeit noch parallel mit klassischen Methoden identifiziert, um die Referenzdatenbank zu erweitern und somit die Zuverlässigkeit der Methode bei Proben aus der Veterinärbakteriologie als auch der Lebensmittelmikrobiologie zu optimieren.
