Z Gastroenterol 2010; 48 - P419
DOI: 10.1055/s-0030-1263859

Microarraybasierter Vergleich genetischer Netzwerke zwischen HCC und anderen Tumorerkrankungen: Identifikation gemeinsamer, prognoserelevanter Mechanismen

M Krupp 1, T Maass 1, T Bauer 2, F Staib 1, PR Galle 1, A Teufel 1
  • 1I. Medizinische Klinik und Poliklinik, Johannes Gutenberg Universität Mainz, Mainz, Germany
  • 2Abteilung für Tumorgenetik, Deutsches Krebsforschungszentrum, Heidelberg, Germany

Hintergrund: In der letzten Dekade wurden Microarrayanalysen in großem Maßstab zu tumorgenetischen Untersuchungen durchgeführt. Die resultierenden Ergebnisse haben unter anderem die Identifizierung neuer biologischer Mechanismen der Tumorenstehung aber auch neue therapeutische Targets erbracht. Vergleichende Studien zwischen verschiedenen Tumorentitäten wurden bisher jedoch nur unzureichend durchgeführt. Solche Untersuchungen können jedoch im Vergleich zentrale Mechanismen der Tumorbiologie identifizieren.

Methoden: Wir analysierten ein Datenset von 649 genomweiten Microarrays der Standfort Microarray Database (SMD). Diese Microarrays konnten 28 übergeordneten verschiedenen Tumortypen zugeordnet werden. Zusätzlich wurde dem Datenset 210 Signal- und Stoffwechselwege von der Pathway-Datenbank KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) beigefügt. Insgesamt konnten 142 signifikante KEGG Signalwege in Verbindung mit den tumor-assozierten Genen gebracht werden, 64 dieser KEGG Signalwge fanden sich auch im HCC.

Ergebnisse: Unsere Analysen zeigen, dass die Auswertung von gentischen Signalwegsdaten im vergleich zwischen verschiedenen Tumorentitäten das Potential haben funktionelle, tumorspezifische und auch gemeinsame, tumorübergreifende genetische Gruppen zu identifizieren. Typische Tumorsignaturen wie „Environmental Information Processing“, unter deren Klassifikation u.a. der WNT, VEGF, TGF und MAPK KEGG Signalwege fallen, tauchen in unseren Analysen auf. Jedoch zeigen unsere Ergebnisse auch neue genetische Tumor-assoziierte Signaturen auf, die tumorübergreifend eine große Rolle zu spielen scheinen. Auffällig sind hierbei vor allem die funktionellen Gruppen der „Immune System Diseases“ und der „Immune Systems“. Diese Signaturen fanden sich im HCC dann prognoserelevant.

Zusammenfassung: Wir untersuchten in einem vergelichenden Ansatz, die Karziogenese in einem globalen genetischen Netzwerk. Dies bietet neue Ansatzmöglichkeiten, um zentrale Mechanismen der Karziogenese zu verstehen und identifizierte neue prognoserelevante Signturen im HCC.