Z Gastroenterol 2008; 46 - P150
DOI: 10.1055/s-0028-1089526

Proteinextraktion aus Formalin-fixiertem und Paraffin-eingebettetem Gewebe vom duktalen Pankreasadenokarzinom

I Gräntzdörffer 1, S Yumlu 1, R von Wasielewsky 2, MPA Ebert 3, C Röcken 1
  • 1Charité Universitätsmedizin Berlin, Campus Mitte, Institut für Pathologie, Berlin, Germany
  • 2Medizinische Hochschule Hannover, Institut für Pathologie, Hannover, Germany
  • 3Klinikum rechts der Isar, II. Medizinische Klinik, München, Germany

Ziele: Bislang wurde das für die histologische Diagnostik hergestellte, Formalin-fixierte und Paraffin-eingebettete (FFPE) Gewebe kaum für proteinbiochemische Untersuchungen erschlossen. Diese sind aber von großem Interesse, um z.B. durch umfangreiche retrospektive Untersuchungen neu identifizierte, prädiktive und prognostische Biomarker zu validieren. Wir untersuchten daher einen neuen Proteinextraktionskit, mit dem Proteine aus FFPE-Gewebe extrahiert werden können, und prüften die Standardisierbarkeit der Probennahme sowie die Menge und Qualität der extrahierten Proteine.

Methode: Von 5 Patienten mit duktalem Pankreasadenokarzinom wurden von kryofixiertem Material und von FFPE-Gewebeblöcken 1mm dicke und 3mm lange Zylinder mit einer manuellen Gewebestanze entnommen und zusätzlich konventionelle Paraffinschnitte hergestellt. Alle Gewebeproben wurden gewogen. Anschließend wurden die Proteine mit dem QProteome FFPE Tissue-Kit von Qiagen extrahiert. Die Proteinmenge der Gewebeproben wurde gemessen und durch SDS-PAGE aufgetrennt. Annexin I wurde als Validierungsprotein mit Western Blot und Immunhistochemie untersucht.

Ergebnisse: Sowohl aus unfixiertem als auch aus FFPE-Gewebe konnten Proteine extrahiert werden. Am meisten Protein konnte aus unfixiertem Material gewonnen werden (3,1±1,08µg/µl) verglichen mit FFPE-Gewebezylindern (1,12±0,82µg/µl) und FFPE-Gewebeschnitten (1,14±0,26µg/µl). Die Auftrennung der extrahierten Proteine mit SDS-PAGE wies jeweils zahlreiche Proteinbanden nach. Im Western Blot und in der Immunhistochemie konnte Annexin I in allen untersuchten Materialien erfolgreich nachgewiesen werden.

Schlussfolgerung: Der QProteome FFPE Tissue-Kit von Qiagen eignet sich gut für die Proteinextraktion aus FFPE-Material. Nach der Proteinextraktion kann die Proteinkonzentration bestimmt und die Proteine mit SDS-PAGE aufgetrennt werden. Ein qualitativer Nachweis mit Western Blot ist ebenfalls möglich und liefert wichtige Aussagen über posttranslationelle Modifikationen, die der Immunhistologie meist verborgen bleiben. Damit erweitert sich das an FFPE-Material einsetzbare Spektrum der molekularen Medizin um proteinbiochemische Untersuchungen.